药物包封率、无菌性、药物保留性、制备方法和可否规模化生产，脂质体稳定性和成本及有效性都取决于脂质体中载药方法的选择。将药物加入脂质体有两种不同的方法，即被动载药法和主动载药法。在被动载药方法中，药物在制备过程中被包封在脂质体中。在主动载药方法中，药物被装载到完整的脂质体中（主动负载）。
(1) 被动载药技术：是否采用被动载药技术，取决于脂质体在形成期间包封特定体积水相的能力，水相中含有溶解的药物或溶质。对于亲水性药物，经被动载药脂质体包封率与脂质体所在的水相体积有关，脂质体本身性质取决于分散体系的磷脂浓度、层室数和脂质体形态。亲脂性药物与磷脂双层相互作用，因此，包封率取决于磷脂类别及其浓度。形态学参数不影响药物包封率。使用被动载药技术，水溶性药物被包裹在脂质体的水相内，而脂溶性药物被包裹在脂质体的双层（脂质相）中。药物或生物活性物质脂溶性部分将嵌入脂质体磷脂之间，而它们的水溶性部分位于脂质体水相中，从而被包封。
(2) 主动载药技术：对于活性药物的包封，将已经制备的空白脂质体与药物浓溶液混合，孵育一段时间后，药物通过扩散过程均匀分布在脂质体中。该方法较佳，因为磷脂双层对药物扩散具有高度渗透性，因此，在适宜的时间内可达到较高包封率。由于浓度梯度，药物可通过脂质双层渗透到脂质体中，直到周围介质和脂质体内部之间达到平衡。在主动负载时，水溶性药物与磷脂的极性头部基团相互作用而无法进入脂质体内部。能够进入脂质体的疏水性药物的量，取决于脂质双层的空间限制程度。对于两亲性药物的情况，它们难以保留在脂质体内，因为它们可以快速渗透脂质双层。该方法具有许多优点，如在脂质体的制备过程中并不加入活性成分，因此处理毒性药物时必须采取的安全预防措施可以降至更低。这种方法的缺点在于它仅限一小部分表现为两性弱碱性或酸性的药物，只能在不带电的情况下渗透双层，而不能在带电的情况下渗透。
